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##核心基因组多位点序列分型（cgMLST）分析 核心基因组多位点序列分型（cgMLST）是一种高效、易标准化且节省存储空间的基因型分型方法，具备监测大规模结核病传播的潜力。本网站采用Kohl T.A.等人[1]设计的MTBC cgMLST方案进行基因分型。该方案使用2891个核心基因确定每个菌株的cgMLST基因型，并通过在线[cgMLST等位基因命名法](http://www.cgmlst.org/mtbc)实现菌株分型的标准化。 ###操作说明 cgMLST分型功能已集成在“单样本变异检测”模块内。用户启动该模块进行分析时，网站会自动对识别到的变异信息转换为cgMLST等位基因谱。如需进一步了解创建“单样本变异检测”分析，用户可以参考帮助中心**[单样本变异检测](/docs/singlesample)**。 ###结果说明 （1）分析顺利完成后，点击分析编号可查阅样本的分析结果。二级导航栏的“cgMLST”页面展示了样本的cgMLST等位基因谱，如下图所示，第一列展示了cgMLST基因的名称；第二列列出了相应基因上的所有变异情况；而第三列则显示该基因的基因型，此处使用的是[cgMLST等位基因命名法](http://www.cgmlst.org/mtbc)提供的标准化数字代码。  （2）本网站支持批量导出已完成分析的样本的整合cgMLST等位基因谱矩阵，其中行代表样本，列代表基因，单元格中的数值表示基因型。详细的操作步骤，请参考帮助中心**[快速分析](/docs/multisample)**章节中的**查看与下载分析结果**部分。 ###参考文献 [1] [Kohl TA, Harmsen D, Rothgänger J, Walker T, Diel R, Niemann S (2018) Harmonized genome wide typing of tubercle bacilli using a web-based gene-by-gene nomenclature system. EBioMedicine 34:131–138.](https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2018.07.030)
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